工程研究中心实行依托高校领导下的主任负责制。下设人才培养、科学研究及成果转化推广应用3 个职能部门，设主任1名，副主任3 名。中心主任负责研究中心的全面工作，副主任协助主任开展工作，具体负责辅助、解决、决策具体技术问题和工程研究中心的正常运行。设技术委员会，负责提供技术咨询、审议指导并确定把控工程研究中心整体发展和战略目标，技术委员会由所在领域科技、工程、经营管理等方面的知名专家组成。工程研究中心组织结构详见下图。